（1）停止违法行为
责令停止违法行为是一种重要的行政处罚形式。针对侵犯商业秘密纠纷而言，其具体要求商业秘密侵权人停止正在实施或即将实施的使用、披露，或允许他人使用该商业秘密的行为。其中责令侵权人停止使用商业秘密包括停止正在使用该商业秘密进行的商品生产行为和停止销售该类商品。实践中，许多侵权企业或个人拒不执行工商行政管理机关的行政处罚决定，为了提高行政处罚决定的执行率，我国国家工商行政管理局《关于禁止侵犯商业秘密行为的若干规定》第八条规定，如果侵权人拒不执行处罚决定，继续实施本规定第三条所列侵犯商业秘密行为的，视为新的违法行为，从重予以处罚。
（2）行政罚款
罚款，是指行政处罚主体对被处罚人作出的让其承担金钱支付义务的行政处罚形式，是一种有效的经济制裁方式。罚款是目前行政处罚中应用最多最广的一种财产罚。我国现行立法对侵犯商业秘密的行为的罚款数额规定了罚款的最低限额和最高限额，工商行政管理机关对侵犯商业秘密的罚款数额，既不得低于一万元，又不得高于二十万元，只能在一万元和二十万元的幅度内自由裁量。 但是，并非存在侵犯商业秘密的行为，工商行政管理机关就必须对侵权人处以罚款。我国法律仅仅规定工商行政管理机关可以根据情节决定是否给予侵权人以罚款处罚，至于科处罚款与否的标准，由工商行政管理机关依据专门知识和实践经验进行自由裁量。
（3）对侵权物品的处理
为了更加彻底地禁止该侵权人继续为侵犯商业秘密的行为，工商行政管理机关在依照前款规定予以处罚时，对侵权物品可以作如下处理
(一)责令并监督侵权人将载有商业秘密的图纸、软件及其他有关资料返还权利人
(二)监督侵权人销毁使用权利人商业秘密生产的、流人市场将会造成商业秘密公开的产品。但权利人同意收购、销售等其他处理方式的除外。这项规定销毁了侵权的硬件设施，从具体上杜绝侵权人继续侵犯该商业秘密。
