哥哥与学校签订了管培生协议，规培的违约金方面的规定

一、 合同期与服务期，该以哪个为准?
有签定培训服务协议，约定服务期的，劳动合同需续延至服务期满。双方另有约定的从其约定。
主要法律依据：《劳动合同法实施条例》第十七条　劳动合同期满，但是用人单位与劳动者依照劳动合同法第二十二条的规定约定的服务期尚未到期的，劳动合同应当续延至服务期满;双方另有约定的，从其约定。
二、 违约金的规定是否合法
企业为员工提供专项培训费用，进行专业技术培训的，可以约定服务期，员工违反服务期的，按约定支付违约金。
主要法律依据：《劳动合同法》第二十二条 用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
三、 违约金的支付额度
企业要求员工支付违约金不得超过用人单位提供的培训费用，而且不能超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。培训费用的界定也有明确之规定，不能凭空捏造或假设推测。
主要法律依据：《劳动合同法》第二十二条第二款：劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
《劳动合同法实施条例》第十六条　劳动合同法第二十二条第二款规定的培训费用，包括用人单位为了对劳动者进行专业技术培训而支付的有凭证的培训费用、培训期间的差旅费用以及因培训产生的用于该劳动者的其他直接费用。
四、 是不是在服务期间只要是自己主动提出解除合同就要支付违约金?
一般情况下，服务期内如果是员工本人提出解决劳动合同，那么要主动承担违约金。但是员工根据《劳动合同法》第三十八条规定主动提出解除劳动合同，不受服务期约束，不需要支付任何违金。《劳动合同法》第三十八条规定：有下列情形之一的，劳动者可以随时通知用人单位解除劳动合同：
(一)用人单位未按照劳动合同约定提供劳动保护和劳动条件的;
(二)用人单位未及时足额支付劳动报酬的;
(三)用人单位未依法为劳动者缴纳社会保险费的;
(四)用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的;
(五)用人单位以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使劳动者在违背其真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的;
(六)法律、行政法规规定的其他情形。
用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，无需事先告知用人单位。

根据我国《劳动合同法》第二十二条 用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。 劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。 用人单位与劳动者约定服务期的，不影响按照正常的工资调整机制提高劳动者在服务期期间的劳动报酬。
你看你的情况，违约金的数额也就是进修费用+住宿费这么多，那个3万是没有法律依据的。而且，违约金的算法是总数除以约定服务年数乘以未服务年数（举例，比如A的违约金是30000约定服务3年，但A已经服务了1年，所以A的违约金是30000除以3乘以2）。
用人单位扣你档案没理由，实在不行建议你仲裁。