补充合同与主合同结算单价不一致该怎样办

施工合同是需要备案的，那要是建设施工合同和"补充协议"不一致时,应当按照哪个标准进行结算呢?
依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条的规定，“当事人就同一建设工程另行订立建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案中标合同作为结算工程价款的根据”。这是“黑白合同”应当以白合同进行结算的基本原则。
应当注意的是，不是必须招投标的工程项目，但是，当事人按照招投标的程序进行了招投标，签订了施工合同并进行了备案，此后双方又签订了黑白合同，也应当适用《司法解释》第21条关于以备案合同进行结算的规定。
因此，在主合同和补充合同结算不一样时，应该看主合同和补充协议对此是怎么约定的，按约定处理即可，若未约定以哪份为准，一般以补充协议为准，若补充协议的签订存在违法的情形，则以主合同为准。
法律依据：
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条规定