运输协议纠纷如何认定

结论：根据性质认定。
解析：
运输协议，又称运送协议，是指承运人将旅客或者货物从起运地点运输到约定地点，旅客、托运人或者收货人支付票款或者运输费用的协议。运输协议纠纷，是指因运输协议的生效、解释、履行、变更、终止、转让等行为而引起的协议当事人的所有争议。
一、运输协议一般为双务和有偿协议。在运输协议中，承运人负有将旅客或货物运送到约定地点的义务，旅客或托运人负有按照规定支付票款或运费的义务，这两种义务互为对价关系，所以运输协议一般属于有偿协议。
二、运输协议多为格式协议，即运输协议多为承运人提供的为了重复使用而预先拟定的格式条款，在订立协议时旅客或托运人只有同意或不同意的权利。客票、货运单、提单等均为依照专门法规统一印制，运费一般也是执行统一的规定。当然，运输协议一般为格式协议并不排除有的运输协议不采用格式协议的形式，而由双方协商订立。
三、运输协议多为诺成协议，自双方签署协议时成立，无须额外的交付特定实物的行为。当然，当事人之间另有约定或另有交易习惯时除外。
法律依据：
《民法典》第八百零九条
运输合同是承运人将旅客或者货物从起运地点运输到约定地点，旅客、托运人或者收货人支付票款或者运输费用的合同。