被公安局扣留了12小时，做了笔录，按了指印，出来后会有案底吗？

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不是。在派出所只是做了笔录，而没有处罚，是不会留下案底的。
案底是指某人过去犯法或犯罪行为的记录，又称为前科。个人的刑事犯罪记录，存于当地或上至国家级的档案中，是自然人的历史另类表现。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第286条规定：犯罪的时候不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。
犯罪记录被封存的，不得向任何单位和个人提供，但司法机关为办案需要或者有关单位根据国家规定进行查询的除外。依法进行查询的单位，应当对被封存的犯罪记录的情况予以保密。

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根据你的问题解答如下, 单纯的笔录和手印不属于案底，这是警方案件调查的流程。只有刑事犯罪才会被记录在档案中，并且联网可查。
案底，一般指某人过去犯法或犯罪行为的记录。又称犯罪人员犯罪记录制度，在我国法律中一般指有过刑事犯罪前科的档案记录，而该犯罪档案一般存放至公安部门保存。
《关于建立犯罪人员犯罪记录制度的意见》定义的犯罪记录是国家专门机关对犯罪人员情况的客观记载。
所以，如果只是配合案件调查或者属于普通治安事件的，构不成犯罪的，不会留下犯罪记录（案底）。