工程竣工后才发现施工合同无效怎么办

工程竣工后发现施工合同无效的，牵涉到的主要就是工程款的结算问题，对于此要分两种情况：
一、建设工程竣工验收合格的。
此种情形下，承包人可以向发包人要求按照合同约定支付工程价款，发包人拒绝的，承包人可以向有管辖权的法院提起诉讼，请求法院判决发包人依照合同约定支付工程价款，法院应予以支持。
二、建设工程经竣工验收不合格。
这种情况下，要按照以下情形分别处理：
（一）修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人可以请求承包人承担修复费用，承包人拒绝的，发包人向法院请求的，法院应予支持；
（二）修复后的建设工程经竣工验收还是不合格的，承包人无权请求支付工程价款，法院对此请求不予支持。
同时，因建设工程不合格造成的损失，发包人存在过错的，也应承担相应的民事责任。

《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条
建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。
第三条
建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：
（一）修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持；
（二）修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。
因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。