增值税审计方法如下； 一是对增值税专用发票的审计。主要检查纳税人是否取得增值税专用发票，是否存在以增值税普通发票抵扣进项税的情况。主要通过对存货、固定资产、费用科目和应交税费――应交增值税（进项税）等科目进行审计。 二是对海关进口增值税专用缴款书的审计。在进口货物办理报关进口手续时，纳税人需向海关申报缴纳进口增值税并从海关取得完税证明即海关进口增值税专用缴款书（以下简称海关专缴书）。自2013年7月1日起，增值税一般纳税人进口货物取得的海关专缴书，需经税务机关稽核比对相符后，其增值税额方能作为进项税额在销项税额中抵扣，逾期未申请的其进项税额不予抵扣。 三是对农产品收购凭证的审计。按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。重点审计以下两种情况：1.购进农产品，按照取得的销售农产品的增值税普通发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。 ２.从农户收购农产品，按照收购单位自行开具农产品收购发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额，从销项税额中抵扣。目前，农业生产者销售自产农产品是免征增值税的，其不能开具增值税专票，只能开具农产品销售发票。对于
小规模纳税人销售农产品也是不得开具增值税专票的，只能开具增值税普通发票。对于零散经营的农户，应由收购单位向农民开具收购发票。上述三种凭证也能作为进项税额扣除。 四是对废旧物资收购凭证的审计。主要检查纳税人在当期申请抵扣的进项税额中是否有废旧物资收购凭证，如果纳税人没有经营再生资源回收利用方面的业务，就不能利用废旧物资收购凭证进行增值税进项税额的抵扣。
