目前，私募股权基金的主要模式还是在投资新三板挂牌企业或推动已投资企业挂牌新三板为主，主要运作模式有：
(一)挂牌前投资
流程：挂牌前投资项目——新三板挂牌
投资业务是私募股权基金业务的源头，因此挂牌的数量和质量都尤为重要。所以，尽管新三板扩容取消了对拟挂牌企业盈利等方面的要求，但是私募股权基金仍然会选择具有独特盈利模式或者具有创新型业务的中小企业进行投资。
私募股权基金为了能在企业挂牌新三板后能够有较高估值退出，挑选独特盈利模式的公司尤为重要。目前，市场中私募股权普遍做法是在某几个行业内进行分析和考察，在关注企业财务指标以外，对企业管理层的水平也在进行判断。总之，挑选一个优秀的项目，需要专门的投研部门进行必要的客观分析，多方论证，才能最终获得。
在投资之后私募股权基金要能真正帮助企业获得实实在在的管理改善和价值提升。其后的任务就是将企业推向新三板，在企业挂牌后，知名度及估值的上升更容易吸引市场资本投入，而此时部分基金已经可以选择退出。
目前多数投资机构仍在等待新三板转板制度的推行，以期望获得更高估值退出。在转板制度尚未推出时，私募股权机构的收益会受到很大限制。
(二)定增参与
流程：筛选定增信息——认购股份——新三板或转板退出
投资挂牌新三板的企业，不但能够节省挑选企业的复杂过程和风险，而且能够以较低的市盈率购得企业股权，在风险和利润之间寻找最优结合点，因此，机构投资者很容易通过企业上市实现退出获得差价。同时，由于新三板不限制增发次数以及可以一次申请多次发行的灵活制度，使得机构参与新三板定向增资的热情更为高涨。
目前，股转系统对挂牌新三板公司增发股份并没有设定锁定期，所以，PE机构通过认购定向增发模式介入新三板公司后，折价金额可随时变现，或者待机在新三板退出或IPO上市退出，都是较好的盈利模式。
但是，定增市场的火爆使得股权机构很难获得理想投资企业的定增份额，目前许多股权机构获得定增份额的主要方式有二种：第一，以更高价格参与。许多股权机构通过向主办券商报出更高的价格来吓退竞争对手，甚至有些报价在原基础上增长50%。第二，通过股权机构自己的网络与企业直接联系。其主要承诺会在未来一段时间会在资源及管理方面对企业进行辅助。
