运输合同运费纠纷的起诉程序大致如下：首先是立案环节。
这就如同开启一场法律诉讼的大门，你得精心准备起诉状，将原告和被告的详细信息准确填写，明确提出诉讼请求，比如要求对方支付特定金额的运费等，还要详细阐述事实和理由，像运输合同的签订过程、履行状况以及对方未支付运费的情况等，同时附上诸如运输合同、运单、交货凭证等相关证据。
接着把这些立案材料递交到有管辖权的法院。
其次是法院受理后的送达阶段。
一旦法院受理，就会把起诉状副本等材料送达给被告。
然后进入开庭审理环节，这其中包含法庭调查，双方各自举证、质证，以及激烈的法庭辩论等过程。
最后是判决阶段。
法院会依据事实和法律作出公正的判决。
倘若一方对判决不服，还可以在规定的期限内提起上诉。
在整个诉讼过程中，一定要留意诉讼时效，通常运输合同纠纷适用三年的诉讼时效，可别因为疏忽而错失维权的机会。
