申请软件著作权流程注意事项如下：
1.软件著作权登记是软件得到重点保护的依据 《国务院关于印发鼓励软件产业和集成电路产业发展若干政策的通知》第32条规定：“国务院著作权行政管理部门要规范和加强登记制度，鼓励软件著作权登记，并依据国家法律对已经登记的软件予以重点保护。”
2.软件著作权登记是提起诉讼、司法保护的前提 在发生软件著作权争议、软件时，《软件著作权登记证书》是主张权利的证明，因此，它是向人民法院提起诉讼，请求司法保护的前提。
3.软件著作权登记是软件作品作为技术出资入股的前提。《关于以高新技术成果出资入股若干问题的规定》规定计算机软件可以作为高新技术出资入股，但是一般都要求权利人提供《软件著作权登记证书》作为评估依据。
4.软件著作权登记是权利人享有各项优惠政策的前提条件。登记人可以依据《鼓励软件产业和集成电路产业发展的若干政策》，享受有关税收、知识产权、投融资、产业技术、出口、人才吸引等若干的优惠政策。另外，取得《软件著作权登记证书》后，可进行软件产品登记和软件企业的认定(双软认定)，由此可享受国家的税收优惠政策。
5.软件著作权登记是在我国境内合法经营或者销售软件产品的前提和保障。
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