(一)
产权无保障，交易不安全
在目前的法律环境下，“擅自将农民集体所有的土地的
使用权出让、转让或者出租用于非农业建设”，仍然是国家严格限制的行为在审判实践中，擅自出租集体
土地使用权行为也多被法院认定为无效行为。
(二)耕地保护受到冲击，耕地占补平衡难以实现
大量“以租
代征”事实的发生，农村集体建设用地数量剧增，耕地甚至基本农田大量流失，国家无法切实控制住新增建设用地供给，长此以往国家粮食安全将受到威胁，耕地红线将被突破。国家粮食安全和宏观调控严重受影响。
(三)破坏了城市建设规划
农村
集体土地自发入市流转具有自发性、盲目性，目前基本上还处于一种自发、无序、缺乏管理的状态。在农地自发入市过程中，占用集体土地的目的往往是“非
公共利益”，并且被占用的集体土地几乎都是零星散碎地进入市场。农地的自发入市流转，不能遵循市场经济规律重新配置，直接导致土地利用混乱。再加上，农地自发入市流转游离于土地市场管理之外，土地隐形交易大量存在，尤其在城乡接合部，不按规划用地，乱搭乱建，造成田地结构和布局十分混乱。同时，这类土地的占用还给城市的后续发展埋下隐患，加大了今后城市规划与建设的成本。
(四)破坏了土地市场公平机制，加大了土地市场管理的难度，不利于土地市场发展。
