一是司法鉴定机构设置繁多，缺乏统一领导和有效监督。司法鉴定机构属于社会中介机构，有权从事司法鉴定工作的机构五花八门，如司法行政机关内设的鉴定机构、独立的专业性鉴定机构、医院、学校等。而这些机构之间缺乏统一领导和有效监督，在管理上无级别之分，只服从各自的管理部门，难以建立统一的司法鉴定国家认证、认可、准入、争议解决等制度，鉴定程序、执业纪律、道德规范、操作规则也难统一。
二是司法鉴定标准不一，容易出现“同案不同鉴”的情况。多数鉴定领域没有技术标准，导致鉴定随意性大、重复鉴定等问题突出。如法医鉴定的适用标准制定较早，难以适应当前诉讼的要求，特别是伤残鉴定，只有交通事故损害赔偿的伤残等级标准和工伤事故损害赔偿的伤残等级标准，却没有统一的人身损害赔偿的伤残等级标准，导致评定人身损害伤残等级时无标准可用，同样的伤情鉴定结论却相差悬殊。
三是鉴定人出庭作证制度不够完善。司法鉴定人是特殊的证人，我国三大诉讼法均明确规定司法鉴定人应当出庭作证。但在司法实践中，由于法官在认识上的偏差、鉴定人的法制观念淡薄、地域条件与经济条件上的限制以及鉴定人出庭作证制度的不完善，导致司法鉴定人出庭率极低。
四是鉴定机构收费标准、鉴定期限等均无统一规定，法院工作处于被动。各地鉴定机构对于同样的鉴定事项存在收费标准不一的情况，且鉴定时限均在机构掌握，法院无法加快进度，造成当事人利益的损害和法院办案效率的低下，一定意义上损害了法院工作的公正性和严肃性。
