1、设立管理和监控机构。
商业秘密是科研、生产、经营活动的产物，其存在于企来活动的各个方面，分布在技术、生产、经营等各个部门，需要有组织机构和人员来实现对商业秘密的统一协调、管理和监控。商业秘密管理机构应视企业大小和商业秘密管理任务的需要选择相应模式。可以组建商业秘密管理专门机构，也可以指定企业法律部门、知识产权管理部门或者其他综合管理部门负责，小企业或者商业秘密相对较少的企业，也可以指定专人负责管理。
不论采取何种组织管理模式，都应当突出以下原则：一是权力相对集中，明确赋予保密机构对商业秘密的统一管理权，避免政出多门形成内耗和管理死角；二是设定职责权限，明确规定保密管理责任人、保密管理机构和人员的管理责任，积极创造管理条件，维护其管理权威；三是强化管理素质，通过选拔、培训等渠道，增强保密管理人员的思想素质，通过选拔、培训等渠道，增强保密管理人员的思想素质和业务水平，打造一支忠诚、可靠、专业、干练的管理队伍。
2、建立和完善规章制度。
用制度保护商业秘密，是法律认可的保护商业秘密的重要措施，也是现代企业制度的重要内容。商业秘密保护应根据商业秘密产生、复制、存储、传递、使用、保管等运行轨迹，以有效控制接触范围、消除泄密隐患为主要目的制定。保密制度一般分为三个层次；
第一层为企业章程有关商业秘密保护的原则规定；
第二层为企业商业秘密管理规定；
第三层为单项保密规定以及保密协议。
商业秘密保护制度主要包括：商业秘密载体保密管理制度；保密要害部门、部位管理制度；涉密人员管理制度；办公自动化管理制度；涉密会议、涉密活动管理规定；对外接待管理规定；对外合资、合作保密管理规定；对外宣传及广告策划保密规定；重点事项保密管理制度；奖惩制度等。
