公司申请了破产，发现涉案金额确认负债怎么办

申请破产，
然后以公司净资产来偿还债务。偿还是有顺序要求的，
首先是员工工资、
其次是国家税金、
然后是债务。不足偿还的时候同一层次按相同比例偿还。不能偿还的，因进入破产程序了后就不再偿还了。所以说，破产其实也是一种对有限责任公司股东的一种保护，如果是无限责任公司，则要涉及到用个人财产来偿还了。
记不是太清楚了。建议你看看公司破产法吧。

走完司法程序后，涉案金额确认负债还未还清的债务就不再偿还了。
　　所谓破产，是指当债务人的全部资产无法清偿到期债务时，债权人通过一定程序将债务人的全部资产供其平均受偿，从而使债务人免除不能清偿的其他债务。并由法院宣告破产解散。
　　公司破产要经以下法定程序：
　　
（1）破产的申请：破产申请，是指当事人向法院提出的宣告公司破产的请示。
　　
（2）破产的受理：人民法院裁定或受理公司破产案件后，应当在10日内通知债务人和已知的债权人，并发布公告。债权人应当在收到通知后的30天内，未收到通知的债权人应当自公告之日起3个月内向人民法院申报债权，说明债权的数额有无财产担保并提交证明材料。逾期申报债权的，视为自动放弃债权。
　　
（3）破产的和解协议：
　　破产和解是指人民法院受理和解申请或破产申请后、宣告债务人破产前，债务人和债权人会议就债务人延期清偿债务、减少债务数额等事项达成和解协议，经人民法院认定后，终止破产程序的一种制度。
　　
（4）破产的宣告：法院对债权人或债务人提出的破产申请进行审理，确认其具备法定条件的即可宣告破产。
　　
（5）破产的清算：公司法规定，公司因不能清偿到期债务，被依法宣告破产的，由人民法院依照有关法律的规定，组织股东、有关机关及有关专业人员成立清算组，对公司进行破产清算。
　　
（6）破产终结：破产终结是指法院裁定的破产程序的终结。