我是否有权要求邻居停止在商铺房顶种菜？

有权，商铺楼顶的位置是全体业主共有，邻居在商铺楼顶种菜是属于先占行为，这行为是属于违法，

你可以先尝试与邻居友好沟通，说明情况及可能造成的影响，让其主动停止。若沟通无果，可以向物业管理公司反映，请求其协助处理。如果问题仍未解决，你可以根据实际情况，向相关行政部门投诉，或者通过法律途径，向法院起诉，要求对方排除妨碍。

这得看商铺房顶的产权归属和使用规定。若房顶是公共区域或属于你专有部分，邻居种菜影响你的权益，你有权要求其停止。你可先和邻居友好沟通，说明情况及可能造成的影响，让其主动停止。若沟通无果，可以保留证据，走法律途径解决，比如向法院起诉，要求对方排除妨碍。