我受工伤1年了,工伤认定9级,一次性伤残补助金以到位,与用人单位签了一次性就业补助金的协议,在就医期间用人单位给了2万医疗费用和5千生活费?

不能扣除，这几笔费用并不冲突，可以要求公司足额赔付

现在是否和用人单位解除劳动关系？

用人单位要求扣除2万5千块的做法是不对的

用人单位扣除2万5千元的做法通常不对。工伤医疗费用和生活费本就该单位承担，不能从一次性就业补助金里扣。您可先和单位协商，表明这费用不应扣除；若协商不成，可通过法律途径解决，比如申请仲裁，维护自身合法权益。

请你明确一下具体的问题，比如关于一次性就业补助金协议的履行问题、这些费用的合理性问题、后续赔偿问题等等，这样我才能更精准地为你提供专业的法律分析和建议。