商标侵权案件当事人可以在合同中约定管辖法院。
首先是商标案件的级别管辖与一般民事案件的级别管辖有所不同，根据《最高人民法院关于审理商标案件有关管辖和法律适用范围问题的解释》的规定，商标民事纠纷案一审案件，由中级以上人民法院管辖。各高级人民法院根据本辖区的实际情况，经最高人民法院批准，可以在较大城市确定1-2个基层人民法院受理第一审商标民事纠纷案件。
地域管辖方面，按照以下原则确定：
1、侵犯商标专用权案件：
根据民事诉讼法的规定因侵权行为提起的诉讼，由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖。因此，侵犯商标专用权案件一般由侵权行为地或者被告住所地的中级人民法院或者有商标案件管辖权的基层法院管辖。侵权行为地的认定可根据《关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第6条的规定，因侵犯注册商标专用权行为提起的民事诉讼，由侵权行为的实施地、侵权商品的储藏地或者查封扣押地、被告住所地人民法院管辖。其中侵权商品的储藏地，是指大量或者经常性储存、隐匿侵权商品所在地;查封扣押地，是指海关、工商等行政机关依法查封、扣押侵权商品所在地。对涉及不同侵权行为实施地的多个被告提起的共同诉讼，原告可以选择其中一个被告的侵权行为实施地人民法院管辖;仅对其中某一被告提起的诉讼，该被告侵权行为实施地的人民法院有管辖权。
2、商标合同纠纷案件：
根据《民事诉讼法》的规定，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。合同的双方当事人可以在书面合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。当事人约定的履行地与实际履行地不一致的，以实际履行地为准。因此，上述地点的中级人民法院或者有商标案件管辖权的基层人民法院有管辖权。对于合同责任与侵权责任竞合的商标案件，按照当事人选择的诉因来确定管辖法院。
3、商标权属纠纷案件：
由被告住所地的中级人民法院或者被告住所地有商标案件管辖权的基层人民法院管辖。
4、诉前停止侵权与保全案件：
根据最高人民法院《关于诉前停止侵犯注册商标专用权行为和保全证据适用法律问题的解释》的条规定，诉前责令停止侵犯注册商标专用权行为或者保全证据的申请，应当向侵权行为地或者被申请人住所地对商标案件有管辖权的人民法院提出。
法律依据
《最高人民法院关于审理商标案件有关管辖和法律适用范围问题的解释》
《关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》
《民事诉讼法》