合同涂改后按手印有效吗

看情况。
1、变更协议，双方协商一致变更协议的有效。所以应当新签字按印，并注明清楚。
2、因为协议或者合同，必须是反映双方一致意思的体现，不能是在欺诈、威胁、逼迫条件下签订，并且不能违背显失公平原则。
3、如果签订合同或者协议是逼迫、威胁条件下签订了，即使按有双方手印和第三方手印，此协议也是无法律效力的。
4、只要协议是双方意思一致的体现，那怕就是只签名、且无第三方人，此协议也是有法律效力的。
法律依据：
《民法典》第五百零二条
依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。依照法律、行政法规的规定，合同应当办理批准等手续的，依照其规定。未办理批准等手续影响合同生效的，不影响合同中履行报批等义务条款以及相关条款的效力。应当办理申请批准等手续的当事人未履行义务的，对方可以请求其承担违反该义务的责任。依照法律、行政法规的规定，合同的变更、转让、解除等情形应当办理批准等手续的，适用前款规定。