对于市卷烟厂仅因未将合同副本报商标局备案而被撤销，这合法吗

结论：不合法。
解析：
商标转让或许可使用合同副本交送存查、报送备案，在于公示作用，便于第三人查询相关商标权利状况。并不影响合同本身效力，合同仍然在双方当事人之间有效，只是未报送商标局备案的不得对抗善意第三人。

不合法。　　理由与分析：　　商标转让或许可使用合同副本交送存查、报送备案，在于公示作用，便于第三人查询相关商标权利状况。并不影响合同本身效力，合同仍然在双方当事人之间有效，只是未报送商标局备案的不得对抗善意第三人。　　法律依据：　　最高人民于2002年10月12日发布的《关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第19条规定：商标使用许可合同未经备案的，不影响该许可合同的效力，但当事人另有约定的除外。商标使用许可合同未在商标局备案的，不得对抗善意第三人。　　综上可知，因商标转让或许可使用合同副本未报商标局备案而撤销是没有法律根据的，也就是不合法的，当事人可针对此具体行政行为提起行政复议，复议不成可提起行政诉讼。