解答如下, 违法转让土地使用权的违法所得,应当区分依法取得土地使用权违法转让和违法取得土地使用权违法转让两种情形进行认定:依法取得的土地使用权违法转让的,违法所得为当事人转让全部所得扣除当事人依法取得土地使用权的成本和对土地的合法投入。例如,某企业以出让方式依法取得土地使用权用于房屋建设,已经支付了全部土地出让金等相关费用,并进行了投资开发,但完成开发投资总额未到达《城市房地产管理法》第三十九条的规定的25,不符合法律规定条件即将房地产进行了转让,属于违法转让土地使用权行为,应当按照《城市房地产管理法》第六十六条的规定,给予没收违法所得的行政处罚。在认定违法所得时,应当从转让房地产的总收入中扣除违法当事人已缴纳的土地出让金等相关费用成本和开发建设投入。违法取得的土地使用权违法转让的,违法所得为当事人转让全部所得。例如,某村委会与某企业签订土地租赁协议,违法将5亩集体土地出租用于建设厂房,租期20年,每亩每年4万元,企业一次性支付了3年租金共计60万元。企业对土地进行了平整和基础设施建设,投入了10万元。在租赁期的第2年,该企业将租赁的集体土地违法转让给其他单位用于房地产开发,转让合同列明总价款为500万。本案中存在两种违法行为,一是村委会非法出租集体土地用于非农业建设,适用《土地管理法》第八十一条的规定予以处罚,违法所得应为企业已支付60万元租金;二是某企业违法转让集体土地使用权,适用《土地管理法》第七十三条规定予以处罚,违法所得应为转让合同列明价款500万元,企业已支付60万元资金和土地开发投入的10万元不予扣除。认定转让土地使用权违法所得时,转让全部所得、合法投入等的具体核定:《查处规程》明确,转让全部所得数额应当按照转让合同及交易凭据所列价款确定,没有转让合同及交易凭据、当事人拒不提供或者提供的转让合同及交易凭据所列价款明显不符合实际的,可以按照评估价认定。对土地的合法投入包括土地开发、新建建筑物和构筑物的建设投入等,但是违法新建建筑物和构筑物的建设投入除外。
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