公司在打官司可以注销吗

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最好不要。在官司期间建议不要注销公司，这样会导致对方直接你们股东。
根据我国的法律法规，企业在向工商部门提出注销申请时，除了有一定的程序要求外，还要求有企业股东大会决议等实质性要求，其中一项重要的内容就是要有清算报告，对企业的资产、债权债务等作出处理。没有清算报告或者清算报告虚假，就无法办理该企业的工商注销手续，已经办理的手续也没有法律效力。债权人有权要求工商机关撤销企业注销登记。即使工商办理的注销登记不宜撤销(企业的法律人格不存在了)，那么企业投资者(即股东)的民事责任并没有免除，债权人可以要求企业的投资者在投资范围内承担民事责任，据此来维护自身的合法权益。