建设工程合同无效违约金条款是否还能适用

不适用。无效合同中关于违约金条款，是先有约定，违反约定才会适用条款追究违约责任，现在约定无效了，也就不存在违约的情形。合同无效后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。
《民法典》 第一百五十七条 民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。