1、由被告负担举证责任，是被告行政机关在行政程序中应当遵守“先取证，后裁决”这一规则的必然要求。在行政程序中，行政机关在作出具体行政行为前，应当认真调查、充分收集证据，在证据充分，事实清楚的基础上正确适用法律，作出正确的行政行为。因此，一旦行政行为被诉，由作出该行为的被告负担证明其行为合法性的责任，是合情合理的。
2、由被告负担举证责任，有利于发挥行政机关的举证优势。在行政诉讼中，进行司法审查的核心问题是被诉具体行政行为的合法性，而该具体行政行为是由被告作出的，所以被告对该具体行政行为的证据最为了解。并且在行政程序中，被告行政机关处于主导地位，其行使职权无须征得公民、法人和其他组织同意，所以被告的举证能力较原告强，由被告负主要举证责任是公平原则在行政诉讼中的体现。
3、由被告负担举证责任，可以有效促进行政机关依法行政。要求被告行政机关对被诉具体行政行为合法性承担举证责任，实质上是要求行政机关在行政诉讼程序之前的行政程序中应当在具有事实根据和法律根据的前提下，作出具体行政行为。否则，其作出的具体行政行为就是违法的，面临着其行为被撤销或者其他否定性法律评价的后果。行政诉讼在承载解决法律纠纷的使命外，还承载了监督行政机关依法行政，保护处于弱者地位的行政相对人，通过行政诉讼程序来平衡行政程序中双方的权利义务关系的责任，以实现权利义务一致性的要求。
