1、关于股权比例的约定;公司的股权在未来存在多种变化的可能性，比如：代持股权的比例并非一成不变，公司未来的增资扩股将导致股权比例的稀释，则实际出资人的利益将很难得到保障。
2、实际出资人难以确立股东身份的风险;虽然司法解释肯定了股权代持协议的效力，但是投资权益并不等同于股东权益，投资权益只能向名义股东(代持人)主张，而不能直接向公司主张，存在一定的局限性。根据公司法解释，必须经过公司半数以上股东同意，实际出资人方可向法院请求公司变更股东、签发出资证明书、记载于股东名册、记载于公司章程并办理公司登记机关登记。
3、名义股东侵害实际出资人利益的风险;在一般的股权代持关系中，实际出资人在幕后，名义股东则在台前代为行使股东权利，面对各种诱惑，很可能出现名义股东侵害实际出资人利益的情形。比如：名义股东不向实际投资人转交资产收益，滥用股东权利(重大决策事项未经协商)，擅自处置股权(转让、质押)等等。
4、名义股东的风险;比如：当实际投资人未履行出资义务时，若债权人追索，则名义股东需要在承诺的出资范围内承担补缴出资的义务，而不能以其不是实际投资人为由拒绝承担责任。
5、未来股权转让的税务风险;当然，如果实际出资人和名义股东各司其职良好合作，以上风险也许都能避免。但是代持协议还有一个绕不开的问题——即未来股权转让的税务风险。当条件成熟、实际出资人准备解除代持协议时，税务问题就随之而来——从外观上看，实际出资人是从名义股东那里受让了股权，当然需要缴税!通常，税务机关对于当事人辩称因为股权代持关系，并未发生股权转让的说法并不认可，要求按照公允价值计算缴税。以上是股权代持协议可以做公证吗这个问题的解答。
股权代持协议没有明确规定一定要做公证的，只要其不违反法律规定的事项，就具有法律效益。一般企业都会涉及到股权纠纷，同时股权的多少也将决定企业的去向以及该持股人在企业之间具有话语权，因此谨慎选择股权代持协议是非常必要的。
