根据我国《民事诉讼法》第二十八条的规定，因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。
根据我国《民事诉讼法》第三十条的规定，因铁路、公路、水上和航空事故请求损害赔偿提起的诉讼，由事故发生地或者车辆、船舶最先到达地、航空器最先降落地或者被告住所地人民法院管辖。
因此，判断运输合同的管辖时，首先应当判定所发生的纠纷时侵权纠纷还是合同纠纷，如果是合同纠纷，适用第二十八条的规定;如果是侵权纠纷，则适用第三十条的规定。
此时的管辖法院就包括运输始发地的法院、运输目的地的发运或者是被告住所地的法院，而在一般这类的案件其实都是由基层人民法院进行管辖，但要是涉及到的金额比较大的话，其实也是可以由中级人民法院来行使管辖权。
