社区以兄妹之间有家庭矛盾为由扣押不动产证的做法通常是没有法律依据的。以下为你详细分析并提供应对建议：
法律分析
不动产证的性质 ：不动产证是权利人享有该不动产物权的证明。根据《中华人民共和国民法典》规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力。一旦不动产完成确权登记并颁发证书，权利人就依法对该不动产享有相应的权利，证书应归权利人持有。
社区的权限 ：社区并非执法或司法机关，没有权力扣押公民的合法证件。其主要职责是进行社区管理和提供公共服务等，不能以家庭矛盾为由干涉公民对合法证件的持有和使用。
应对措施
与社区沟通 ：你可以与社区进行友好协商，向他们说明不动产证是权利人合法拥有不动产的重要凭证，社区无权扣押。同时，表明家庭矛盾可以通过合法途径解决，但不应影响不动产证的正常发放。
寻求上级部门帮助 ：如果与社区沟通无果，可以向社区的上级主管部门，如街道办事处等反映情况，要求其督促社区返还不动产证。
法律途径 ：若上述方法都无法解决问题，你可以考虑通过法律途径维护自己的权益。可以向人民法院提起诉讼，要求社区返还不动产证，并承担相应的法律责任。
在处理过程中，要注意保留好相关的证据，如与社区沟通的记录、不动产证已确权的相关文件等，以便在需要时维护自己的合法权益。
