协议纠纷赔偿款怎么做

损失不确定，赔偿不确定。
大多数情况下，当事人就协议纠纷提出赔偿的理由，是一方当事人违约，导致协议对方损失。由于损失的不确定性，在实践中存在证明和计算难的问题，为此，协议当事人可以在协议中约定违约赔偿方式，比如定金约定、违约金约定等。
在一方违约时，另一方当事人可以要求按照协议约定没收定金(双倍返还定金)、要求按照协议约定支付违约金等等。如果协议对违约金或违约赔偿金额计算没有约定，当事人可以要求对方赔偿因违约导致的损失。这里说的损失包括实际已经发生的损失，也包括将要发生的损失，即必然发生的损失以及未来预期可以得到的收益损失。
根据谁主张谁举证的规则，提出赔偿要求的当事人一般负有证明自身损失的责任，即证明对方当事人存在违约行为，同时须证明损失的数额。如果协议同时约定了违约金和定金，当事人可以选择其中一种提出赔偿。如果约定的违约金或定金低于实际损失，当事人可以要求按照实际损失计算。违约一方如果有证据认为约定的违约金或定金过分高于当事人的实际损失，可以提出异议，要求调整。
法律依据：
《民法典》第二十二条
对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的，各该人民法院都有管辖权。