首先是业务分工不同，省级社会保险机构一般办理本省的省属用人单位、国家所属驻本省的用人单位等及其职工的社会保险业务。而市级社会保险经办机构主要是办理本市市属用人单位及其职工的社会保险业务。
缴费基数不同，省级社会保险机构一般以省级行政区作为统筹区域，而市级保险机构一般以市级行政区作为统筹区域，两者的平均经济发展水平和职工平均工资水平等指标都是不同的，因而造成社会保险缴费基数存在差异。
社会保险待遇不同，比如《社会保险法》第十五条第二款规定“基本养老金根据个人累计缴费年限、缴费工资、当地职工平均工资、个人账户金额、城镇人口平均预期寿命等因素确定”，由于省级统筹区域和市级统筹区域的缴费基数、职工平均工资存在不同，因而两者的基本养老金就存在差别了。
