二者区别在于：
一是纳税人销售零税率货物在税法规定具有纳税的义务，但由于规定税率为零，纳税人无税可纳。
而免税则指国家根据政策的需要，免除纳税人缴纳税款的义务。
二是纳税人销售零税率货物既然有纳税义务，同样具有抵扣税额的权利，从形式上表现为退给纳税人在各个流转环节已缴纳的税款。
而免税则规定免除纳税人纳税的义务，同时也规定生产销售免税货物不得抵扣进项税额，即纳税人必须放弃抵扣税款的权利。
出口货物和应税服务免税仅是指在免税环节不征收增值税，其相应的进项税额不能抵扣，也不能退还。
而零税率是指对规定的出口货物和应税服务除了在出口环节不征税外，还要对该产品和应税服务在出口前已缴纳的增值税进行退税，使该出口货物及应税服务在出口时完全不含增值税，从而以无税产品进入国际市场。
出口货物税率为零，体现国家对出口产品奖励政策，根据增值税计算公式：
销项税额＝销售额×税率，如果税率为零，销项税额也为零。
应纳税额＝销项税额－进项税额，销项税额为零，零减进项税额为负的进项税额。
因此，在货物出口报关时，根据出口额计算出负的进项税额，即为该货物在各个流转环节所缴纳的全部税款，应退给报关出口单位。
出口货物适用零税率和免税货物从形式上看均表现为纳税人不纳税
