公司注销,留抵的进项税额怎么办

在企业进行清算的过程中，所留滞的增值税进项税额将不再享受退税政策。对于那些一般纳税人在终止运营或者被取消成为辅导期一般纳税人资格后，转变为小型规模纳税人的情况，他们在此前已经取得的存货在转让的过程中，其对应的进项税额并不需要进行转出处理，同时，他们所保留的进项税额也不会得到相应的退税待遇。

注1：公司进行注销程序时，所产生的增值税进项税将不会得到退还；
注2：当一般纳税人进行注销或者被撤销为辅导期一般纳税人资格后，转变为小规模纳税人身份时，其存货无需进行进项税额转出处理，相应的留抵税额亦无法获得退还。

解析：
当公司完成清算程序进行注销之时，所有的增值税进项税额将不再获得返还批准；相比之下，一般的大宗贸易企业或者是在辅导期间的一般纳税人，若其资质因各种原因被撤销，他们将会面临从一般纳税人转变为小规模纳税人的状况，在此种情况下，并不需要对其库存商品所包含的进项税额进行转出处理，同时，其留存在账户中的进项税额也不会被许可退还。
法律依据：
《财政部国家税务总局关于增值税若干政策的通知》第六条，一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。