疾控中心不退剩下的疫苗钱怎么办

解析：
若医院尚未执行退款操作且款项未能及时入账，您可选择前往卫生行政机构进行实名举报投诉。
在这个过程中，以下是可能有助于解决问题的几个具体建议供您参考：
首先，您可以直接致电相应的举报热线进行投诉举报；
其次，您也可以将相关情况向本地的卫生局或医药监督管理局，甚至是医疗协会等权威机构进行反映和投诉；
再次，如果条件允许的话，您还可视情前往卫生行政部门进行现场举报投诉；
最后，如果案件涉及到刑事责任追究，那么您可以考虑前往检察机关进行报告，并尽可能地提供能够证实犯罪事实存在的证据或线索。
法律依据：
《市场监督管理投诉举报处理暂行办法》第四条
国家市场监督管理总局主管全国投诉举报处理工作，指导地方市场监督管理部门投诉举报处理工作。县级以上地方市场监督管理部门负责本行政区域内的投诉举报处理工作。