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依据《国家税务总局关于个人因解除劳动合同取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知》(国税发[1999]178号)和《财政部、国家税务总局关于个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入征免个人所得税问题的通知》(财税[2001]157号)这两个文件进行计算。
国税发[1999]178号文件主要规定：
(1)个人取得的一次性经济补偿金可以在一定期限内进行平均，以降低“月应纳税所得额”;
(2)具体期限为“个人在本企业的工作年限数”;
(3)工作年限超过12个月的，依照12个月计算;
(4)“月应纳所得额”还应扣除个人应缴的“四金”部分;
(5)经上述平均计算之后得出“月应纳所得额”，再依照《个人所得税法》计算应缴税款;
财税[2001]157号文件在前述规定的基础上再作了征免处理，主要规定：
(1)经济补偿金等在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税;
(2)企业依照国家有关法律规定宣告破产，企业职工从该破产企业取得的一次性安置费收入，免征个人所得税。
同时，根据2008年1月1日实施的《劳动合同法》之85、87等条款之规定，现除经济补偿金外还出现了“赔偿金”之概念。从目前司法实践来看，赔偿金也可依照上述规定计缴税款。
公式为：
应代为扣缴的个人所得税={[(经济补偿金总收入-当地上年职工平均工资的3倍-实际缴存的社会保险费和住房公积金)÷本单位的工作年限-个人所得税扣除额]×适用税率-速算扣除数}×本单位的工作年限。
根据我国相关法律法规规定对合同到期终止补偿金计税分为劳动合同的解除和劳动合同的终止是劳动关系消灭的两种情形。简单讲，劳动合同没有到期却不再履行下去了，是解除;劳动合同到期自然结束双方的权利和义务，是终止。对于劳动合同的解除和终止的情形，我国的新旧劳动法均有详细的规定。对于不同的情形，税法的规定是完全不一样的。
《国家税务总局关于个人因解除劳动合同取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知》(国税发〔1999〕178号)指出，考虑到个人取得的一次性经济补偿收入数额较大，而且被解聘的人员可能在一段时间内没有固定收入，因此，对于个人取得的一次性经济补偿收入，可视为一次取得数月的工资、薪金收入，允许在一定期限内进行平均。具体平均办法为：以个人取得的一次性经济补偿收入，除以个人在本企业的工作年限数，以其商数作为个人的月工资、薪金收入，按照税法规定计算缴纳个人所得税。个人在本企业的工作年限数按实际工作年限数计算，超过12年的按12年计算。
随后，为进一步支持用人单位推进劳动人事制度改革，妥善安置有关人员，维护社会稳定，财政部、国家税务总局又出台了《关于个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入征免个人所得税问题的通知》(财税〔2001〕157号)。该文件规定，个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性补偿收入(包括用人单位发放的经济补偿金、生活补助费和其他补助费用)，其收入在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税;超过的部分按照《国家税务总局关于个人因解除劳动合同取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知》(国税发〔1999〕178号)的有关规定，计算征收个人所得税。
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