昨天晚自习我和两个同学上厕所迟到了两三分

您好！首先要确认的是，教育厅不让上晚自习是否出具了相关文件另外，教育局让上晚自习是否出局了文件如果都出具了文件，并且文件是对自己管辖范围内的对象具有约束力的，原则上下级单位的文件不应违反上级单位文件规定。但如果上级的文件非强制性，则下级单位不存在违反上级文件的问题。另外，据我所知一般教育局不会发布强制要求上晚自习的文件，只会发指导性文件。因此，该文件及教育局的要求很可能就不是强制性的，只是被负责执行的人给曲解。如果是我上面推测的情况，您不用理会教育局的要求。也谈不上合法违法的问题。