农村自建房加层一定要拆除吗

是的。

在农村两违建筑是一定要拆除的。
两违建筑是指违法用地以及其他违反国家法律规定修建的这些建筑物，如果在农村有违法建筑，任何人都可以向城乡规划主管部门投诉情况属实的，城乡规划主管部门可以责令村民自行拆除，拒不履行相关决定的可以强拆。
违法建筑包括：
1、未申请或申请未获得批准，未取得建设用地规划许可证和建设工程规划许可证而建成的建筑。
2、擅自改变建设工程规划许可证的规定建成的建筑。
3、擅自改变了使用性质建成的建筑。
4、擅自将临时建筑设成为永久性建筑。

《城乡规划法》第六十六条
建设单位或者个人有下列行为之一的，由所在地城市、县人民政府城乡规划主管部门责令限期拆除，可以并处临时建设工程造价一倍以下的罚款：
(一)未经批准进行临时建设的;
(二)未按照批准内容进行临时建设的;
(三)临时建筑物、构筑物超过批准期限不拆除的。