旧《条例》第二十七条明文规定，凡已经办理登记的软件，在软件权利发生转让活动时，受让方应当在转让合同正式签订后3个月内向软件登记管理机构备案，否则不能对抗第三者的侵权活动。该条颁布实施时曾经在实践中引起争议：一种观点认为，软件转让合同如果在3个月内不予备案，则转让合同不发生法律效力，即使是已经实际履行的也不影响合同的无效;另一种观点则认为，软件转让合同虽然没有备案，但是在软件转让合同双方当事人之间转让已经发生法律效力，不过不能对抗第三人。
现行《条例》第二十一条对此的规定是，软件转让合同可以向国务院著作权行政管理部门认定的软件登记机构登记(国家版权局主管全国软件管理工作，国家版权局认定中国版权保护中心为软件登记机构。经国家版权局批准，中国版权保护中心可以在地方设立软件登记办事机构)，强调的是自愿登记原则。该规定的合理性表现在：
一、充分尊重当事人的意思自治，体现了国家对私权的尊重;另外从实际情况看，国家进行了几次的机构改革，原来的软件转让合同登记管理机构已几经转换;
二、减轻了政府相关部门的负担，符合入世后政府职能转变的大的趋势;
三、避免了司法部门在审理案件时因为软件转让合同是否生效而产生的分歧，有利于法制的统一。
故在实践中应当充分认识和掌握现行《条例》对软件转让合同登记已经由旧《条例》的强制登记改为自愿登记，准确把握软件转让合同是否登记本身并不影响该转让合同的效力。
