1.权属纠纷，包括专利权权属纠纷和专利申请权纠纷。主要有：是关于职务发明创造还是非职务发明创造的纠纷;关于谁是发明创造的发明人或设计人的纠纷;还有关于合作完成或者接受委托完成的发明创造，谁有权申请专利的纠纷。
2.专利侵权纠纷。这类纠纷占绝大多数，即未经专利权人许可，为生产经营目的制造、使用、许诺销售、销售、进口专利产品，或者使用其专利方法以及使用、许诺销售、销售、进口依照该专利方法直接获得的产品的行为。或者，未经专利权人许可，为生产经营目的制造、许诺销售、销售、进口其外观设计专利产品的行为。
3，专利许可或专利转让合同纠纷。即因为专利许可或者专利转让的合同订立或履行产生的纠纷，其本质是一个合同纠纷。
