国家赔偿是从民事赔偿发展而来的，因此两者有许多共通之处。但是，国家赔偿是独立于民事赔偿的自成体系的法律制度，两者的区别可概括为：
1.赔偿发生的原因不同。国家赔偿由国家侵权行为引起;而民事赔偿由民事侵权行为引起。(《民法通则》规定的公务侵权与国家公权力的行使有关，公务侵权的民事责任实际适用《国家赔偿法》的规定。)
2.赔偿主体不同。国家赔偿的主体是抽象的国家，具体的赔偿义务由国家赔偿法规定的赔偿义务机关履行。赔偿主体与赔偿义务人相互分离。而民事赔偿的主体通常是具体的民事违法行为人，赔偿主体与赔偿义务人相一致。
3.赔偿的归责原则不同。国家赔偿的归责原则是违法原则，而民事赔偿的归责原则体系由过错责任原则、无过错责任原则、公平责任原则构成。
4.赔偿程序不同。国家赔偿的程序较民事赔偿更为复杂，其区别在于：首先，在提起国家赔偿诉讼之前，除在行政诉讼中一并提起赔偿外，请求人应先向赔偿义务机关提出赔偿请求，即实行赔偿义务机关决定前置原则，不经该决定程序，法院不予受理，而在民事赔偿程序中，受害人可以直接向法院提起赔偿请求，无须经过前置程序。其次，证据规则不同。国家赔偿一般实行“初步证明”规则，即赔偿请求人首先要证明损害已经发生，并且该损害是由国家机关及其工作人员的违法行为所引起，继而，证明责任转移到被告，而在民事赔偿诉讼程序中则实行“谁主张、谁举证”的证据规则。
如果公民在受到了国家司法机关的不公平待遇后也是会给自身的人身安全和财产安全造成一定的损失，所以受害人是可以向司法机关申请国家赔偿的，那么国家赔偿的具体金额和项目会根据当地职工的平均收入来确定，如果造成了人身伤害也是需要承担医疗费用的赔偿。
