1、因资质问题而产生的纠纷：根据《建筑法》和建设部《建筑企业资质管理规定》等关于建筑施工企业从业资格的规定，从事建筑活动的建筑施工企业应具备相应的资质，在其资质等级许可的范围内从事建筑活动。禁止建筑施工企业超越本企业的资质等级许可的业务范围承揽工程。禁止施工企业向无质资或不具备相应质资的企业分包工程。
2、因履约范围不清而产生的纠纷：在施工实践中，总包单位与分包商之间因履约范围不清而发生纠纷的现象屡见不鲜。造成履约范围不清的主要原因是分包合同条款内容不规范、不具体。因此，在订立分包合同时，应严格按照《分包合同示范文本》的条款进行订立。
3、因转包而产生的纠纷：转包是指承包单位承包建设工程，不履行合同约定的责任和义务，将其承包的全部建设工程转给他人或将其承包的全部建设工程肢解后以分包的名义分别转给其他单位承包的行为。建设工程转包被法律所禁止。
综上所述，建设工程分包合同纠纷的处理方式有三种，根据具体的情况做出正确的选择，产生纠纷的原因有因资质问题而产生的，因为覆约不明确产生的以及因为转包而产生的纠纷，以上是对工程分包合同纠纷如何让处理问题的回答，若您还有疑问，请咨询律师365，我们有专业的律师为您解疑答惑。
