商业秘密权的限制是从权利限制角度进行定义，同时也被称为商业秘密侵权行为的例外情形，这是以除外手段对侵权判定类型进行描述。商业秘密权的限制主要表现在以下几个方面：
1.独立开发
即通过自己创造性的智力劳动获得与他人技术秘密相同的信息的行为，商业秘密权利人不能禁止他人自行研究出相同的商业秘密，也不能禁止他人对自行研制出来的商业秘密采用商业秘密权保护。
2.反向工程
所谓反向工程，是指通过对终端产品的分析研究，找出该产品的原始配方或者生产方法。商业秘密权的权利人投放到市场上流通的产品中所蕴涵的商业秘密信息，一旦被竞争对手通过方向工程分析研究获知(法律限制的某些特殊产品除外)，则其秘密性相对丧失，原拥有者也失去相应的权利。
3.合法受让
商业秘密的性质是具有可让与性的，并且也是存在事实上进行分割的可能性的。使用人可以通过许可使用、技术转让合同等合法方式使用商业秘密。
4.公知领域
指通过公开渠道可以获得的信息、轻而易举可以获得的信息、在本行业内公知的信息，一般性的常识、经验、技术。
5.公权限制
国家机关根据法律的规定在执行公务过程中获取当事人的商业秘密，不视为侵犯商业秘密。以国家公权利限制商业秘密必须具有法律的明文规定，范围以执行职务为限。国家机关工作人员在职务过程中获得的商业秘密，仍然负有保密的义务。
6.强制披露
这主要是指上市公司的强制信息披露制度，对于未上市公司可以保持其商业秘密，但是对于上市公司必须按照《证券法》、《公司法》的规定进行信息披露。信息一旦披露，即进入公众领域而不再是商业秘密了。
商业秘密权是基于对商业秘密的保护而形成的一系列权利，也就是作为商业秘密的所有人，其对应的权利是受到法律保护的。商业秘密权与一般的知识产权之间都还有不一样的地方，其中商业秘密权的权利主体并不单一，而客体也仅仅是技术信息和经营信息，当然对商业秘密权的保护期限也是不确定的。
