如果是必须招标的工程，但是没有进行招标签订的建设工程施工合同发生纠纷，承发包双方均没有主张合同无效，法院或仲裁机构会必然裁判合同

法院及仲裁机关有权根据自身职能，对相关合同进行审查，而后依据法定理由及事实判定该等合同属无效之列。《中华人民共和国招标投标法》第四十九条
违反本法规定，必须进行招标的项目而不招标的，将必须进行招标的项目化整为零或者以其他任何方式规避招标的，责令限期改正，可以处项目合同金额千分之五以上千分之十以下的罚款;对全部或者部分使用国有资金的项目，可以暂停项目执行或者暂停资金拨付;对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分。