我小叔犯了职务侵占罪，想知道职务侵占案件的审查起诉部门的问题

自诉案件有三类，包括：
1、告诉才处理的案件；
2、被害人有证据证明的轻微刑事案件；
3、被害人有证据证明对被告人侵犯自己人身、财产权利的行为应当依法追究刑事责任，而公安机关或者人民检察院不予追究被告人刑事责任的案件。
案例中，公安已经立案侦查，所以只可能是前两类。对于第一类告诉才处理的案件，属于绝对自诉案件。受害人不告诉，就不构成犯罪，所以，审查起诉阶段应当撤销案件或者决定不起诉。对于第二类被害人有证据证明的轻微刑案，属于相对自诉案件。被害人没有证据或证据不足或者被害人请求立案侦查的都属于公诉案件，由公安机关立案侦查非常正常。如果审查构成犯罪，应当决定提起公诉。

“公安立案时是定职务侵占案件，到审查起诉阶段发现是贪污案件，这个时候案件该怎么处理？”
对于你说的这种情况，可以参照《人民检察院刑事诉讼规则(试行)》第三百九十二条的规定，如果案件事实清楚，证据确实充分，符合起诉条件的话，可以直接以贪污罪起诉。
《人民检察院刑事诉讼规则(试行)》于2012年10月16日由最高人民检察院第十一届检察委员会第八十次会议通过，自2013年1月1日起施行。
第三百九十二条 人民检察院立案侦查时认为属于直接立案侦查的案件，在审查起诉阶段发现不属于人民检察院管辖，案件事实清楚、证据确实充分，符合起诉条件的，可以直接起诉；事实不清、证据不足的，应当及时移送有管辖权的机关办理。