国务院专利行政部门可以自行对发明专利申请进行实质审查吗

结论：国务院专利行政部门认为必要的时候，可以自行对发明专利申请进行实质审查。
解析：
国务院专利行政部门认为必要的时候，可以自行对发明专利申请进行实质审查。
发明专利申请自申请日起三年内，国务院专利行政部门可以根据申请人随时提出的请求，对其申请进行实质审查;申请人无正当理由逾期不请求实质审查的，该申请即被视为撤回。
法律依据：
《专利法》第三十五条
发明专利申请自申请日起三年内，国务院专利行政部门可以根据申请人随时提出的请求，对其申请进行实质审查；申请人无正当理由逾期不请求实质审查的，该申请即被视为撤回。
国务院专利行政部门认为必要的时候，可以自行对发明专利申请进行实质审查。