补充合同与主合同结算单价不一致怎么办

补充合同与主合同结算单价不一致，由发包方与承包方双方应依照规定与文件协商处理。
1、工程价款结算应按合同约定办理，合同未作约定或约定不明的，发、承包双方应依照规定与文件协商处理。
2、根据《建设工程价款结算暂行办法》第十条
（一）施工中发生工程变更，承包人按照经发包人认可的变更设计文件，进行变更施工，其中，政府投资项目重大变更，需按基本建设程序报批后方可施工。
（二）在工程设计变更确定后14天内，设计变更涉及工程价款调整的，由承包人向发包人提出，经发包人审核同意后调整合同价款。
（三）工程设计变更确定后14天内，如承包人未提出变更工程价款报告，则发包人可根据所掌握的资料决定是否调整合同价款和调整的具体金额。重大工程变更涉及工程价款变更报告和确认的时限由发承包双方协商确定。