土地确权时才知道土地被侵占了怎么办

土地被侵占可以向当地的国土局投诉反映情况。非法占有土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
【法律依据】
《刑法》第342条，违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。