船东拖欠船员工资，被法院扣押了，如果船东交了保证金，船员可以

不可以自行离去，拒绝开航。
船东拖欠工资，船员可以依法追索，可以向工会求助，可以向劳动监察投诉，可以申请劳动争议仲裁，有欠条的可以直接向人民申请支付令。
但是劳动关系尚存期间，劳动者有遵守劳动纪律和职业道德，完成劳动任务的义务，不可以擅自离船。但是，如果船东存在无故拖欠情形的，船员可以书面告知解除合同，主张结清工资和经济补偿金。
无故拖欠，是指排除不可抗力因素，未因经营困难与工会协商暂时延期支付，用人单位当月工资未在下月发放的情形。
《劳动法》
第三条　劳动者享有平等就业和选择职业的权利、取得劳动报酬的权利、休息休假的权利、获得劳动安全卫生保护的权利、接受职业技能培训的权利、享受社会保险和福利的权利、提请劳动争议处理的权利以及法律规定的其他劳动权利。
劳动者应当完成劳动任务，提高职业技能，执行劳动安全卫生规程，遵守劳动纪律和职业道德。
第三十八条用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：
（二）未及时足额支付劳动报酬的；
第四十六条有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：
（一）劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的；
劳动部
《对〈工资支付暂行规定〉有关问题的补充规定》
劳部发（199
5）226号
四、《规定》第十八条所称“无故拖欠”系指用人单位无正当理由超过规定付薪时间未支付劳动者工资。不包括：
（
1）用人单位遇到非人力所能抗拒的自然灾害、战争等原因，无法按时支付工资；
（
2）用人单位确因生产经营困难、资金周转受到影响，在征得本单位工会同意后，可暂时延期支付劳动者工资，延期时间的最长限制可由各省、自治区、直辖市劳动行政部门根据各地情况确定，其他情况下拖欠工资均属无故拖欠。