民事诉讼中的双方经调解达成协议的，法院能不能依据当事人的申请制作判决书

根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二百三十六条发生法律效力的民事判决、裁定，当事人必须履行。一方拒绝履行的，对方当事人可以向人民申请执行，也可以由审判员移送执行员执行。调解书和其他应当由人民执行的法律文书，当事人必须履行。一方拒绝履行的，对方当事人可以向人民申请执行。生效的民事调解书与生效的民事判决书有同等的效力，A能够据此向人民申请强制执行。

依法不应当主动释明，应当依法受理。　　最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》（于2008年8月11日由最高人民审判委员会第1450次会议通过）第三条规定，当事人未提出诉讼时效抗辩，人民不应对诉讼时效问题进行释明及主动适用诉讼时效的规定进行裁判。根据上述规定，在被告没有对你超过诉讼时效提出抗辩的情况下，不能主动审查并适用诉讼时效规定而判决驳回你的诉讼请求，只能依据所查明的事实来作出裁决。