民事诉讼中，双方当事人达成调解协议但要求人民法院必须根据协议内容制作判决书人民法院是如何处理的？

依法不应当主动释明，应当依法受理。　　最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》（于2008年8月11日由最高人民审判委员会第1450次会议通过）第三条规定，当事人未提出诉讼时效抗辩，人民不应对诉讼时效问题进行释明及主动适用诉讼时效的规定进行裁判。根据上述规定，在被告没有对你超过诉讼时效提出抗辩的情况下，不能主动审查并适用诉讼时效规定而判决驳回你的诉讼请求，只能依据所查明的事实来作出裁决。