如果建设单位没有提出竣工验收，就已经交付使用，但甲方却已未进行竣工验收为由扣留工程款是否合理？

结论：建设工程竣工后，发包人应当根据施工图纸及说明书、国家颁发的施工验收规范和质量检验标准及时进行验收。验收合格的，发包人应当按照约定支付价款，并接收该建设工程。
解析：
1、工程完工后，施工单位向建设单位提交工程竣工报告，申请工程竣工验收。实行监理的工程，工程竣工报告必须经总监理工程师签署意见。（施工单位在工程竣工前，通知质量监督部门对工程实体进行到位质量监督检查）。
2、建设单位收到工程竣工报告后，对符合竣工验收要求的工程，组织勘察、设计、施工、监理等单位和其他有关方面的专家组成验收组，制定验收方案。
3、建设单位应当在工程竣工验收7个工作日前将验收的时间、地点及验收组名单通知负责监督该工程的工程监督机构。
法律依据：
《民法典》第七百九十九条
建设工程竣工后，发包人应当根据施工图纸及说明书、国家颁发的施工验收规范和质量检验标准及时进行验收。验收合格的，发包人应当按照约定支付价款，并接收该建设工程。
建设工程竣工经验收合格后，方可交付使用;未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。

单位工程达到竣工验收条件后，承包单位应先组织自审、自查、自评，自评工作完成。签署工程竣工报验单，并向基建处提出工程质量评估报告和工程竣工验收申请报告。
3、基建处收到工程竣工报验单后，由分管工程副处长组织设计施工、工程监理、政府质。设计单位、施工单位和监理单位协商，承包单位应在竣工验收后的限定时间内完成。建设工程竣工验收完毕以后，由建设单位负责，在15天内向质监站备案管理科办理竣工验收备案手续。