农村自建房屋的土地证若不慎丢失，可参照以下步骤进行补办。
首先，申请人需按照规定填写一份详细的土地证遗失申请书，并提交至所在村委或者乡级政府的土地资源管理部门进行申报备案；接下来，根据档案中的相关土地图纸资料进行复印，同时向档案馆提出权属查询申请，获取相应的证明材料；随后，在当地具有影响力的报纸上发布遗失声明，以示公示；
最后，携带上述所有材料前往
不动产登记机构进行补证申请，待审核通过后即可领取新的土地证。
《不动产登记暂行条例》第十三条
不动产登记簿由不动产登记机构永久保存。不动产登记簿损毁、灭失的，不动产登记机构应当依据原有登记资料予以重建。行政区域变更或者不动产登记机构职能调整的，应当及时将不动产登记簿移交相应的不动产登记机构。
