在经过合法的规划划定之后，基本农田保护区的范围内，任何组织机构或个人都不能擅自进行变更或者占用。
在国家层面上，诸如能源、交通、水利以及国防设施等重大基础性建设项目，在选址过程中若确因种种客观原因而无法避开基本农田保护区，需要征用到周围的基本农田资源，那么，这就需要获得国务院层面的审批许可，同时涉及到农用地的转变用途或土地的征收问题。
《土地管理法》第三十四条国家实行基本农田保护制度。
下列耕地应当根据土地利用总体规划划入基本农田保护区，严格管理：
（一）经国务院有关主管部门或者县级以上地方人民政府批准确定的粮、棉、油生产基地内的耕地；
（二）有良好的水利与水土保持设施的耕地，正在实施改造计划以及可以改造的中、低产田；
（三）蔬菜生产基地；
（四）农业科研、教学试验田；
（五）国务院规定应当划入基本农田保护区的其他耕地。
各省、自治区、直辖市划定的基本农田应当占本行政区域内耕地的百分之八十以上。
基本农田保护区以乡（镇）为单位进行划区定界，由县级人民政府土地行政主管部门会同同级农业行政主管部门组织实施。
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